Thanh đọc khắp kinh, sử và trước tác Lý học của Chu Đôn Di, Trình Hạo, Trình Di, Trương Tái, Chu Hi,... nhưng đặc biệt xem trọng về kinh Dịch, vì thế ông thành danh ở phương diện này. Thanh nhận định kinh Dịch là “đầu của ngũ kinh” (ngũ kinh chi thủ), “nơi chứa sanh mệnh” (sanh mệnh chi uẩn), nên nghiên cứu chuyên sâu, luôn đưa ra nhiều phát kiến chưa từng có.[7] Do sự khởi xướng và dưới ảnh hưởng của Thanh, bọn Lý Đình Cơ, Trương Nhạc, Lâm Hi Nguyên, Trần Sâm, Tô Tuấn, Quách Duy Hiền ở chùa Khai Nguyên kết xã nghiên cứu kinh Dịch, người đời gọi là Thanh Nguyên trì Dịch nhị thập bát tú. Bọn Lý Đình Cơ trước tác hơn 90 bộ sách bàn luận về Dịch, tạo nên trào lưu nghiên cứu kinh Dịch ở Tuyền Châu, khiến "người trong thiên hạ nói về Dịch, thì nghĩ đến Tấn Giang".[8]

Về Lý học, Thanh chủ yếu kế thừa học thuyết của Chu Hi, nhận định “đạo của Tống nho đến Chu tử mới đạt thành tựu lớn, cái học của Chu tử không sáng, thì cái đạo của Khổng Mạnh không rõ”. Trên tâm thế ấy, Thanh bảo vệ học thuyết của Chu Hi một cách mạnh mẽ, đề xướng “hợp với Văn công thì giữ lại, khác thì gạt ra, khiến người ta nhìn vẻ lung linh và sự thấu triệt trong ghi chép của Chu” (thụy hiệu của Chu Hi là Văn).[9] Mặt khác, Thanh cũng phát triển học thuyết ấy thay vì khư khư không đổi. Ví như Chu Hi chủ trương “lý (tinh thần) tiên (có trước), khí (vật chất) hậu (có sau)”, Thanh nhận định “hết thảy lục hợp đều là khí đấy, lý tức là lý của khí này vậy”, thành ra bất đồng một cách vi diệu với Chu tử.[10] Trình độ Lý học của Thanh được khẳng định là nằm trong nhóm vài học giả hàng đầu ở trung kỳ đời Minh, trở thành nhân vật trung tâm của học phái Thanh Nguyên hình thành sau này.[8] Học thuyết của Thanh chẳng những ngăn được Tâm học của Vương Dương Minh tiến về miền tây nam (sau khi đã nuốt trọn đông nam, bao gồm thủ phủ của Nho học Trung Quốc: Chiết Giang), mà còn góp phần đưa Tống nho trở thành chủ lưu của Nho học hai đời Minh – Thanh, đưa Chu tử trở thành một trong những triết gia ảnh hưởng nhất của lịch sử triết học Trung Quốc. Trong bài sớ xin đặt thụy cho Thanh, Chiêm Ngưỡng Tý đã nói: “Chu Hi có công với thánh nhân, còn Thanh có công với họ Chu.” [11]